特殊教育学院是南京特殊教育师范学院的重点院系之一，目前设有特殊教育、孤独症儿童教育、手语翻译和应用心理学4个专业，在校本科生1600多人。主要为全国特殊教育学校、普通学校及特殊儿童教育康复机构等培养从事特殊儿童教育教学、融合教育、手语翻译及相关特殊教育管理工作的高素质专门人才。
学院是教育部“卓越特殊教育教师培养项目”单位，设有江苏特殊教育改革与发展的重要智库——特殊教育发展指导中心，另设有江苏省特殊教育教师实践教育中心。特殊教育专业是学校成立后最早设立的专业，目前为国家级一流本科专业建设点、中央财政支持的重点专业和江苏省级品牌专业；手语翻译专业是我国大陆地区首家本科手语翻译专业、江苏省级一流本科专业建设点；应用心理学专业2021年获批江苏省一流专业。孤独症儿童教育专业是教育部新设本科专业，也是目前全国唯一一个专门培养孤独症教育师资的本科专业。
学院拥有一支师德高尚、能力突出、结构合理的师资队伍，其中教授10名，副教授20名，博士20名。教师中有全国特教园丁奖获得者2名，省级高校教学名师1名，省“333高层次人才培养工程”第二层次培养对象1名，第三层次培养对象3名，省“青蓝工程”中青年学术带头人4名，优秀青年骨干教师8名，硕士生导师3名。
学院受教育部委托，研制完成了我国第一部由教育部正式颁布实施的《特殊教育教师专业标准（试行）》，成为了特殊教育教师准入、培养、培训和考核的重要依据，同时参与了多门由教育部组织的特殊教育学校课程标准的研制工作，为我国特殊教育事业的发展做出了突出的贡献。
40多年的办学历程，特殊教育学院积累了丰富的特殊教育师资培养经验，为全国各地培养、培训了数以万计的专业人才，其中涌现出一批全国特教先进个人，校友葛华钦、曹艳、李伟儿等受到党和国家领导人的亲切接见，为学校赢得良好声誉。
2016年，国务院《“十三五”加快残疾人小康进程规划纲要的通知》明确指出：要“发挥南京特殊教育师范学院等骨干特教师资培养作用”。面向未来，学院将坚持走特色发展之路，以生为本，立德树人，继续为特殊教育和残疾人事业培养高素质专门人才。（更新时间：2023年9月5日）