特殊教育学院是南京特殊教育师范学院办学历史最久的学院，主要为全国特殊教育学校、普通学校及特殊儿童教育康复机构等培养从事特殊儿童教育教学、融合教育、手语翻译及相关特殊教育管理工作的高素质专门人才。学院是教育部卓越特殊教育教师培养改革项目学校实施单位，设有江苏省特殊教育指导中心办公室，以及江苏省特殊教育教师实践教育中心，是内地与香港“孤独症教育发展联盟”理事长单位。拥有1个国家级一流本科专业——特殊教育专业，1个江苏省重点学科——教育学，1个联合培养硕士点——特殊教育硕士。设有4个研究中心——孤独症教育研究中心、融合教育研究中心、视障教育研究中心、学习障碍教育研究中心。学院是校内首批“院办校”改革试点单位，学院党委是全省高校第二批党建工作“标杆院系”培育建设单位。
学院设有特殊教育系、孤独症教育系、手语翻译系、心理学系4个系，教职员工66人，其中专任教师55人，博士26人，教授7人，副教授16人，硕士生导师7人。教师中有江苏省级教学名师2名，江苏省“333高层次人才培养工程”第二层次培养对象1名、第三层次3名，江苏省“青蓝工程”优秀教学团队2个、中青年学术带头人4名、优秀青年骨干教师8名。学院教师“十四五”期间获得国家级教学成果奖2项，江苏省哲学社会科学研究优秀成果一等奖1项、二等奖1项，第五届全国高校教师教学创新大赛二等奖1项。
学院设有特殊教育、孤独症儿童教育、手语翻译和应用心理学4个本科专业及1个与马来西亚奎斯特国际大学联合培养特殊教育硕士专业。其中，特殊教育本科专业是学校成立后最早设立的专业，为国家级一流本科专业建设点、中央财政支持的重点专业、江苏省品牌专业、江苏省国际化合作品牌专业、江苏省课程思政示范专业；2025年，特殊教育专业顺利通过师范类二级认证。手语翻译专业是教育部目录外专业，是我国大陆地区首家本科手语翻译专业、江苏省级一流本科专业建设点。应用心理学专业是江苏省级一流本科专业建设点。孤独症儿童教育专业是2023年教育部新设目录外本科专业，入选江苏省品牌专业，是全国首创也是目前唯一专门培养孤独症教育师资的本科专业。
学院受教育部委托，研制完成了我国第一部由教育部正式颁布实施的《特殊教育教师专业标准（试行）》，成为了特殊教育教师准入、培养、培训和考核的重要依据，同时参与了多门由教育部组织的特殊教育学校课程标准的研制工作，为我国特殊教育事业的发展做出了突出的贡献。40多年的办学历程，特殊教育学院积累了丰富的特殊教育师资培养经验，为全国各地培养、培训了数以万计的专业人才，涌现出“全国五一劳动奖章”获得者李祥军、“全国教书育人楷模”葛华钦、“全国模范教师”马善波、“全国三八红旗手”“深圳经济特区建立40周年创新创业人物和先进模范人物”曹艳、“感动中国年度人物”刘玲琍等一大批优秀校友，为学校赢得良好声誉。
2016年，国务院《“十三五”加快残疾人小康进程规划纲要的通知》明确指出：要“加强高等院校特殊教育专业建设，发挥南京特殊教育师范学院特殊教育院系等骨干特教师资培养作用”。面向未来，学院将坚持走特色发展之路，以生为本，立德树人，努力建成国内一流、国际有影响的特殊教育学院，持续为特殊教育事业发展培养高素质专门人才。
孤独症儿童教育高质量发展论坛
学习障碍教育学术研讨会
孤独症教育发展联盟
视障教育研究中心揭牌仪式